30 августа 1896 г. епархиальным начальством отец Владимир был назначен наблюдателем церковно-приходских школ Борисовского уезда. 12 августа 1900 г. он был перемещен из Смолевич на должность законоучителя Минского женского училища духовного ведомства и священником училищной церкви. Однако уже 16 марта 1901 г. согласно прошению возвратился на настоятельское место в Смолевичи.

16 августа 1907 г. отец Владимир был назначен в Минск на должность помощника инспектора Минской духовной семинарии. Служа в семинарии, он состоял членом семинарского Кирилло-Мефодиевского братства, оказывавшего материальную помощь малоимущим воспитанникам. Кроме того, он некоторое время исполнял обязанность казначея Минского отдела Императорского Палестинского Общества. Так же священник сотрудничал с Минским церковным историческо-археологическим музеем.

В июле 1915 г. отец Владимир по собственному прошению уволился из духовно-учебной службы . Но в июне 1916 г. определением Синода он был назначен на должность помощника инспектора Тамбовской духовной семинарии, где прослужил до самого ее закрытия властями. Оказавшись не у дел, отец Владимир вернулся на свой родной приход в Смолевичи. Поначалу отец Владимир разделял пастырские труды с протоиереем Владимиром Зенюком, являвшимся настоятелем Смолевичской Николаевской церкви. В последующем он снова возглавил приход и продолжал служить на нем со священником Димитрием Плышевским, будущим священномучеником. В Смолевичах отец Владимир встретил тяжелые испытания, звавшие его на подвиг исповедничества. В 30-ые годы его неоднократно вызывали в НКВД, где требовали отречения от сана священнослужителя. Однако отец Владимир мужественно и терпеливо переносил всё. Даже когда в 1935 г. власти закрыли Смолевичскую церковь, он, несмотря на угрозы, тайно совершал крещение детей. 29 декабря 1937 г. отца Владимира арестовали, обвинив в принадлежности к так называемой «шпионской контрреволюционной повстанческой организации», которую будто бы возглавлял епископ Бобруйский Филарет (Раменский), что было совершенной ложью. Во время допросов отец Владимир совестью своей ни в чем не покривил, мужественно претерпев все испытания. По приговору Особой тройки НКВД 74-летний священник был расстрелян в г. Минске 31 января 1938 г.

12 декабря 1999 г. протоиерей Владимир Зубкович был прославлен в лике местночтимых святых — 23-х новомучеников Минской епархии, а на Юбилейном Архиерейском Соборе в 2000 г. — в лике новомучеников и исповедников Российских XX в.