Будущему священнику недостаточно просто усвоить знания, он непосредственно должен приобщиться духовной традиции Церкви, навыкнуть христианским добродетелям и молитве. Это обстоятельство предполагает постоянное присутствие студентов в Духовной Школе. Но с 1990 года в Минской Духовной Семинарии наряду с дневным отделением действует и отделение заочного обучения. Каким образом и на каких принципах осуществляется образовательная и воспитательная деятельность в Семинарии на отделении заочного обучения?

В Семинарии на заочном отделении обучаются лица, уже получившие священный сан. Белорусская Православная Церковь в годы советской власти долгое время не имела возможности предоставлять специальную богословскую подготовку кандидатам в священство, т.к. семинарии были закрыты и Православной Церкви не позволялось возобновить образовательную деятельность. По этой причине правящие епископы рукополагали в священный сан благочестивых мирян, не имевших систематического богословского образования.

Перед рукоположением кандидаты в священство получали краткую подготовку при епархиальном управлении и после рукоположения проходили, как правило, сорокадневную практику диаконского, а затем священнического служения в кафедральном соборе. Таким образом, многие священнослужители, принявшие сан в советские и переходные годы, не получили квалифицированной подготовки и богословского образования.

Белорусская Православная Церковь не могла оставить эту проблему без внимния. С целью повышения уровня пастырской подготовленности и повышения уровня богословского образования священнослужителей, не получивших перед рукоположением в священный сан надлежащих знаний, Минская Духовная Семинария в 1990 году открыла отделение заочного обучения. По установленным правилам студентами заочного отделения Минской Духовной Семинарии могли быть только священнослужители. Миряне, желавшие получить богословское образование и священный сан, должны были поступать на дневное отделение Семинарии.

Курс богословских, церковно-практических и общеобразовательных дисциплин на заочном отделении Семинарии лишь в малом отличается от курса дневного отделения. На сегодняшний день продолжительность обучения на заочном отделении Минской Духовной Семинарии составляет 6 лет—на год больше, чем срок обучения на стационаре. Завершающим этапом обучения является комплексный экзамен по всем изучавшимся в семинарском курсе дисциплинам. Студенты, имеющие за годы обучения оценки «хорошо» и «отлично», допускаются к написанию бакалаврских работ. В последние годы Педагогический Совет Минской Духовной Семинарии разрешил поступать на отделение заочного обучения и некоторым мирянам. Исключение из правила было сделано на основании того, что эти люди на момент поступления в Семинарию состояли в браке, имели дипломы о высшем светском образовании, зарекомендовали себя многолетним активным участием в жизни прихода, благочестием и верностью Церкви.

За 15 лет работы заочное отделение выпустило 103 человека. 19 выпускников отделения заочного обучения получили степень бакалавра богословия. Среди студентов и выпускников заочного отделения Минской Духовной Семинарии есть не только клирики епархий Белорусского Экзархата, но и священнослужители других епархий Русской Православной Церкви.

На сегодняшний день на заочном отделении Семинарии обучаются 204 человека. Заведующим отделения заочного обучения Минской Духовной Семинарии является иеромонах Павел (Тимофеенков), кандидат богословия.